Борисоглебский монастырь со времени своего существования перенёс множество тяжких бедствий. Трижды монастырь горел в междоусобных войнах в 1167, в 1181, 1372 годах. В 1237 году подвергся нападению монголо-татар. От Литвы и поляков обитель страдала дважды. Первый раз - во времена великого князя Александра Невского, а 1258 году, когда литовцы захватили город Торжок, разорили монастырь и разогнали братию. Другой раз - в 1609 году, в царствование Василия Шуйского. Монастырь с городом были разорены поляками; деревянная церковь Введения Пресвятой Богородицы была сожжена, и в ней погибли в пламени архимандрит монастыря Константин с братией и некоторыми людьми. Но замечательно, что при всех гибельных разорениях каменная церковь, построенная преподобным, оставалась целой и неповреждённой.
После столь многократных разорений и опустошений Борисоглебская обитель была приведена в такую нищету и бедность, что в конце XIV - начале XV веков в ней не было ни одного инока, знавшего грамоту, достояние монастыря по описи было очень скудным.
Далее начинается новый период времени для обители. Это период её благоустройства, процветания и возвышения, которых она достигла усердием и ревностью своих настоятелей. Одни из них предпринимали много ходатайств пред государями, испрашивая у них различные средства для благоустройства обители, и в этом имели благополучный успех.